高壓泵工作正常的情況下，系統壓力和流量穩定，噪音很小，色譜峰形正常。與之相反，在離子色譜儀的高壓泵工作不正常的情況時，系統壓力波動較大，產生噪音，基線的噪音加大，流量不穩并導致色譜峰形變差(出現亂峰)。產生以上情況原因有以下幾種：
1、離子色譜儀的淋洗液的脫氣與泵內氣泡的排除
離子色譜儀初次使用或更換淋洗液時，管路中的氣泡容易進入泵內，造成系統壓力和流量的不穩定，對于一些容易產生氣體的溶液如加入甲醇淋洗液，可先用真空脫氣的辦法除去溶液中大部分氣體，再于系統中用惰性氣體(氦氣或高純氮氣)在線脫氣的方法處理。已進入離子色譜儀的泵內的氣泡可以通過啟動閥排除。具體方法是：先停泵，用一個10ml注射器在啟動閥處向泵內注射去離子水或淋洗液，可反復幾次直到氣泡排除為止，然后再將泵啟動。
2、離子色譜儀系統壓力波動大，流量不穩定
系統中進入了空氣，或者單向閥的寶石球與閥座之間有固體異物，使得兩者不能閉合密封，需卸下單向閥浸入盛有乙醇的燒杯用聲波清洗。分析泵上的壓力傳感器有故障時也會造成壓力波動，應檢查傳感器旋鈕上的O型密封圈是否有磨損。
3、漏液
離子色譜儀的泵密封圈變形后，在高壓下會產生泄漏。泵漏液時，系統壓力不穩定，儀器無法工作，為延長密封圈的使用壽命，在使用了濃度較高的堿以后，要用去離子水清洗泵頭部分，以防產生沉淀物。
4、系統壓力升高
在離子色譜儀系統的壓力過正常壓力的30%以上時，可以認為該系統壓力不正常。壓力升高與以下幾種情況有關：
(1)離子色譜儀保護柱的濾片因有物質沉積而使壓力逐漸升高。更換濾片。
(2)離子色譜儀的某段管子堵塞造成系統壓力突然升高。逐段檢查，更換。
(3)室溫較低時如低于10℃時，系統壓力會升高。設法使室溫保持在15℃以上。
(4)當有機溶劑與水混合時，由于溶液的粘度，密度變化壓力亦會升高。
(5)流速設定過高使壓力升高，應按照色譜柱的要求設定分析泵的流速。
5、系統壓力降低或無壓力
離子色譜儀系統有泄漏時，壓力會降低。仔細檢查各種接頭是否擰緊。此外，當系統流路中有 氣泡存在，進入泵內形成空穴，啟動泵后系統無壓力顯示，亦無溶液流出，為避免上述問題，流動相的容器要加壓(≤0.03MPa);在儀器初次使用或更換淋洗液時要注意排除輸液管路內的空氣。
