離子色譜儀常見故障可以分為以下幾類，詳細的操作如下：
一、電導高
1.淋洗液基體中有高電導物質。排除方法：更換配液水或者試劑。
2.色譜柱中吸附高電導的物質。解決方法是先用去離子水沖洗10—15min，再用淋洗液沖洗10—15min（不加抑制電流），再用去離子水沖洗；如此反復幾次，必要時可用0.1—0.2MNa2CO3溶液沖洗，再用去離子水沖洗，再用淋洗液平衡，一般可將電導降下。
3.電導池中有固體電解質結晶。處理方法是將電導池取下，滴加一滴1：1硝酸，溶解后再用去離子水沖洗干凈。
4.量程選擇不對。如進行陽離子分析時，因淋洗液背景電導過高，選擇較低的量程檔位，將顯示過高的電導值。重新選擇量程即可。
二、壓力指示異常
1.恒流泵單向閥污染。如果淋洗液或水中有少量的固體雜質，有可能污染單向閥。單向閥污染后會產生壓力不穩定，甚至壓力為0的現象。解決的方法是更換單向閥或將單向閥取下后清洗后再裝上。
2.六通進樣閥堵塞。在開泵狀態下卸開每一個孔路，觀察流液情況進行確定和相應的沖洗處理。
3.色譜柱入口處濾膜堵塞。將色譜柱取下并擰下柱頭，小心取出其中的濾膜，放人1：1的硝酸中浸泡，超聲波清洗30min后，用去離子水沖洗后裝上；或將色譜柱反接后沖洗。此方法建議專業的人來完成，使用者不要輕易使用。
4.抑制器或電導池流路系統處有地方卡死。方法檢查色譜柱后面部分，觀察每個接頭的地方是不是有被卡死的現象，并做想應的疏通處理。接頭不要卡的太緊了。
三、基線不穩噪聲大
1.儀器通淋洗液未達平衡狀態。儀器不穩定，通淋洗液至儀器穩定。
2.流路中有氣泡。按照流路順序排查氣泡產生的位置，逐一排除。
3.儀器接地不良。要保持良好的接地線。
4.電壓不穩或電磁干擾大。安裝穩壓器，盡量避免其他強磁性儀器在附近干擾。
5.泵的流速不穩定了或者泵本身的噪聲太大。對泵進行測量或者更換泵。
四、基線漂移大
1.流動相未進行脫氣處理。
2.室溫波動大。室內需保持溫度穩定。
3.流量發生變化或流路有滲漏。按照流路觀察是否有漏液現象發生，并做相應的緊固處理。
4.電壓不穩或靜電干擾。解決方法：加穩壓器和將儀器接地。
五、重復性差
1.進樣量掌握的不好，注入的樣品量多少不一。建議每次比定量環大3-5倍的進樣量。
2.試劑或去離子水中的不純，會造成分析重復性差。可更換試劑或重新處理去離子水。
3.流速不穩定，會造成定性時間偏差。
4.室溫變化大，定量影響比較大。
5.選擇進樣的濃度過高或過低。
